Sau vụ giết Politkovskaya, đồng nghiệp của bà ở tờ báo Novaya Gazeta là Vyacheslav Izmailov (một quân nhân đã giúp thương lượng để thả hàng chục con tin tại Chechnya trước năm 1999) nói rằng ông biết ít nhất trước đây đã 9 lần Anna đã phải đối mặt với cái chết, và nhận xét rằng "các chiến sĩ tiền tuyến không thường đi vào trận chiến thường xuyên và được sống sót".[27]

Bản thân Politkovskaya đã không phủ nhận là mình sợ, nhưng cảm thấy quan tâm và có trách nhiệm đối với những người cung cấp thông tin cho mình. Khi tham dự một hội nghị về tự do báo chí do tổ chức Phóng viên Không Biên giới tổ chức tại Vienne (Áo) vào tháng 12 năm 2005, Politkovskaya cho biết: "Người ta đôi khi phải mất mạng sống vì nói to lên những gì mà họ nghĩ. Trong thực tế, người ta thậm chí có thể bị giết vì cung cấp thông tin cho tôi. Tôi không phải là người duy nhất gặp nguy hiểm. Tôi có các ví dụ chứng minh điều đó"[28]. Bà thường xuyên nhận được các sự đe dọa giết chết do việc bà làm, trong đó có cả đe dọa hãm hiếp và trải qua một vụ xử tử giả[29] sau khi bị quân đội bắt giữ ở Chechnya.[30][31]

Sự giam cầm ở Chechnya

Đầu năm 2001 Politkovskaya đã bị các giới chức quân sự bắt giữ ở làng Khottuni, một làng miền núi phía nam Chechnya.[32] > Lúc đó Politkovskaya đang điều tra các khiếu nại từ 90 gia đình Chechnya về các "cuộc tấn công trừng phạt" của lực lượng liên bang. Bà đã phỏng vấn bà Rosita, một bà già người Chechnya ở làng Tovzeni, người phải chịu đựng 12 ngày đánh đập, bị tra tấn bằng cách dí điện vào người và nhốt trong một cái hố. Những người bắt bà Rosita tự giới thiệu họ là các nhân viên Cơ quan An ninh Liên bang Nga. Những kẻ tra tấn đòi một khoản tiền chuộc của các thân nhân của bà Rosita. Các thân nhân này đã thương lượng một khoản tiền nhỏ hơn mà họ đã có thể trả. Một người được phỏng vấn khác mô tả các vụ giết người và hãm hiếp của người Chechnya trong một "trại tập trung với tính cách thương mại" gần làng Khottuni.[33][34][35]

Sau khi rời trại, Politkovskaya đã bị quân đội Nga bắt giữ, bị thẩm vấn, bị đánh đập và làm nhục. "... Các sĩ quan trẻ tra tấn tôi, khéo léo đánh trúng các điểm đau trên thân thể tôi. Họ nhìn qua hình ảnh các con tôi, thản nhiên nói những gì họ muốn sẽ làm cho chúng. Sự việc này kéo dài khoảng 3 giờ".[36] Bà đã bị trải qua một vụ xử tử giả (mock execution) bằng cách sử dụng một hệ thống pháo phản lực BM-21, sau đó bị đầu độc bằng một tách trà đã làm bà bị nôn mửa. Hồ sơ bằng băng ghi hình của bà đã bị tịch thu. Bà mô tả việc "xử tử giả" như sau:

"Một trung tá với một khuôn mặt ngăm đen và đôi mắt lồi màu đen đục nói bằng giọng ra lệnh: "Chúng ta đi thôi, tôi sẽ bắn bà" Ông ta dẫn tôi ra khỏi lều đi vào đêm đen. Những đêm ở đây thật tối mò. Sau khi chúng tôi đi bộ một lúc, ông ta nói "Sẵn sàng hay không, tôi tới đây". Một cái gì đó bùng nổ với lửa dao động xung quanh tôi, rít lên, gào thét và ầm ì đe dọa. Viên trung tá đã rất sung sướng khi tôi thu mình lại trong hoảng sợ. Hóa ra là ông đã dẫn tôi tới nơi bắn pháo phản lực BM-21 vào lúc nó được bắn (=tạo cho bà cảm tưởng là bị hành hình).[36]

Sau cuộc xử tử giả, viên trung tá Nga nói với bà: "Đây là nhà tắm hơi công cộng. Hãy cởi quần áo ra". Thấy rằng lời nói của mình không có hiệu lực, ông đã rất tức giận: "Một trung tá đích thực đang tán tỉnh mụ, và mụ nói không, mụ chiến binh khốn nạn".[36]

Năm 2006 Tòa án Nhân quyền châu Âu (European Court of Human Rights) cho rằng Liên bang Nga phải chịu trách nhiệm về vụ mất tích cưỡng bách của Khadzhi-Murat Yandiyev, một người bị tình nghi là chiến binh người Ingush. Viên tướng tư lệnh Alexander Baranov, người chỉ huy quân Nga ở Kavkaz được người hướng dẫn của Politkovskaja nêu là người đã ra lệnh giữ các chiến binh bị bắt trong các hố, đã được thâu vào video khi ông ta ra lệnh xử tử Yandiyev.[37]

Đầu độc

Tháng 9 năm 2004, khi bay xuống miền nam để giúp việc thương thuyết với những kẻ bắt cóc hơn 1.000 người làm con tin ở một trường học tại Beslan (Bắc Ossetia), Politkovskaya đã cảm thấy bị bệnh dữ dội và bất tỉnh sau khi uống trà. Theo tường trình thì bà đã bị đầu độc, với một số cáo buộc "Phòng thí nghiệm độc dược của Cơ quan Mật vụ Xô-Viết" cũ.[38][39]

Các đe dọa từ sĩ quan Lực lượng cảnh sát đặc biệt Nga

Năm 2001, Politkovskaya đã trốn sang Vienne, sau khi có các đe dọa bằng điện thư rằng viên hạ sĩ cảnh sát mà bà đã cáo buộc là có các hành động tàn bạo chống lại các thường dân ở Chechnya đang tìm cách trả thù. Viên hạ sĩ Sergei Lapin đã bị bắt và bị buộc tội vào năm 2002, nhưng vụ án chống lại anh ta đã chấm dứt vào năm sau. Trong năm 2005, Lapin bị kết án và bị tù về tội tra tấn và làm mất tích một tù nhân dân sự Chechnya, vụ này được Anna Politkovskaya vạch trần trong bài báo "Người mất tích".[12][40][41]

Xung đột với Ramzan Kadyrov

Năm 2004, Politkovskaya có cuộc nói chuyện với thủ tướng Ramzan Kadyrov thủ tướng Chechnya thời bấy giờ. Một người phụ tá của ông ta đã nói với bà: "Một người nào đó đáng lẽ đã bắn bà khi ở Moskva, ngay trên đường phố, như họ làm ở Moskva của bà". Ramzan đã lặp lại sau anh ta: "Bà là một kẻ thù. Bị bắn...".[42] Dmitrij Muratov, trưởng ban biên tập báo Novaya Gazeta nói là vào ngày bị giết, Politkovskaja đã định nộp cho tòa soạn một câu chuyện dài về việc tra tấn được cho là do phân ban an ninh Chechnya gọi là Kadyrovites thi hành. Trong cuộc phỏng vấn cuối cùng trong đời, bà đã mô tả Kadyrov – nay là tổng thống Chechnya – như một Stalin của Chechnya ở thời nay".[43]